財團法人蒙藏基金會原名財團法人蒙藏學術研究基金會，係於民國七十四年由社會熱心人士、民間社團共同發起募款捐助設立，並向臺灣臺北地方法院完成登記；於民國八十一年為擴充推動蒙藏交流工作，更名為財團法人蒙藏基金會，計有基金新台幣肆仟捌佰參拾萬元，每年以其孳息作為本基金會之經常費及年度推動蒙藏工作費之支出。本基金會係以加強對蒙藏之研究，培養蒙藏人才，推展蒙藏學術文化，關懷服務蒙藏族群，促進蒙藏交流為宗旨，為公益性之財團法人，基金會之董事長及全體董監事均為無給職，基金之主要用途為：
1. 有關與蒙藏民族聚居之區域之交流活動事項。
2. 有關關懷服務蒙藏族群事項。
3. 有關蒙藏之研究與其應用。
4. 蒙藏論著出版之獎助。
5. 蒙藏人才之獎助與培養。
6. 蒙藏研究機構經費之贊助。
7. 政府機關（構）委託辦理事項。
8. 本基金會自用不動產購置及其他行政支出事項。
本基金會之組織編制為董事長、秘書長、執行秘書、秘書，秘書長承董事長之命負責基金保管、運用及本會日常事務之處理。