本基金會之組織編制為：
| 董事會 | 董事長一人，由董事互選之 | |
| 常務董事五至七人，由董事互選之(含董事長) | 目前為五人 | |
| 董事十三至十九人（含董事長、常務董事） | 目前為十六人 | |
| 監事會 | 常務監事一人，由監事互選之 | 一人 |
| 監事三至五人（含常務監事） | 目前為三人 |
- 董事長–陳式武
- 常務董事–林正修、陳春發、陳士魁、陳學聖
- 董事–王劍平、吳美紅、海中雄、王維芳、黃英峰、葉俊宏、阮娟娟、周以順、席慕蓉、張正中、錢永祥
- 常務監事–周杏春
- 監事–徐岱源、張弘澤
- 秘書長–林正修
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藏事工作小組成員
鄧湘漪 簡歷
學歷：
- 國立東華大學族群關係與文化研究所博士生(四年級)
- 國立台灣大學社會學研究所應用社會學碩士
現任：
- 教育部「多元文化教學發展計畫」(主持人國立東華大學族群所紀駿傑教授)專任助理(2009持續進行)
- 國科會「我們夠不夠『自然』?太魯閣國家公園地區與三棧部落的文化及生態旅遊與社會發展」(主持人東華大學民發所陳毅峰教授)兼任助理(2005-2008.7)
- 慈濟大學、玉山神學院兼任講師。主要授課方向為國際發展工作、跨文化研究、方案規劃評估、性別議題、原住民社會工作、實習督導
陳思堯 簡歷
學歷：
- 實踐大學社會工作學系畢 經歷 台北市家庭照顧者關懷協會，外派台北市私立陽光老人養護所
現任：
- 財團法人蒙藏基金會
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蒙事工作小組成員
計畫主持人 林正修 簡歷
學歷：
- 台大城鄉所碩士
經歷：
- 環保聯盟台北分會總幹事
- 永康社區地環境改造計畫主持人
- 都市改革組織秘書長
- 台北市政府民政局長
- 研考會主委
- 南亞海嘯重建專案
- 印尼亞齊資訊學習計畫主持人
- 台灣援川重建行動聯盟共同發起人
現任：
- 蒙藏基金會秘書長
- 新台灣人文教基金會副執行長
- 行政院永續會委員
專案經理 鄭國威 簡歷
學歷：
- 國立中正大學電訊傳播研究所碩士
經歷：
- 台灣媒體觀察教育基金會志工
- 我視傳媒im.tv社群營運部主任
現任：
- 蒙藏基金會「遊牧綠」專案經理
- 台灣數位文化協會理事
- 全球之聲Global Voices多語言計畫負責人
蒙方總編 OTGONSUREN Jargal 簡歷
學歷：
- 蒙古國立大學蒙古語文與文學碩士
經歷：
- SOS兒童村社會中心主任
- TV9電視台編輯
- 「蒙古印象Mongolian Image」雙週報總編輯
- 「Zuunii medee」日報記者